Весной 1986 года в Институте Систем Энергетики СО РАН (СЭИ) была проведена первая школьная конференция программистов. Ее инициатором выступил Мадьяров Игорь Иосифович — преподаватель программирования средней школы №19 в Академгородке. С этого года началась совместная работа сотрудников академических институтов со школьниками в области информационных технологий.
В 1989 году Конференция вышла за рамки Иркутских школ. Для участия в ней были приглашены школьники из Улан-Удэ, Братска, Ангарска, Усть-Илимска, Карлука.
После Конференции состоялся семинар руководителей участников, на котором было отмечено, что наличие слабой техники и недостаточное программное обеспечение вынуждает заниматься школьников профессиональным системным программированием.
С подачи Яраловой Ж.А. руководство ГУНО после согласования с директором СЭИ и с директором средней школы № 24 профинансировало приобретение пяти компьютеров марки IBM PC/XT, с тем, чтобы установить их в школе № 24 для работы на них будущей Компьютерной школы «Алиса» с условием, что и впредь Конференции юных программистов будут проводиться в областном масштабе.
В свою очередь молодежная организация Центр НТТМ «Внедрение» в лице директоров Фетисова Сергея Ивановича и Стрельцова Александра Алексеевича взялась финансировать работу преподавателей будущей школы.
Таким образом, в 1989 г. появились все предпосылки для создания собственной школы, что и было сделано силами единомышленников в этом направлении: Мадьярову Игорю Иосифовичу, Сташуль Тамаре Викторовне и Мокрому Игорю Владимировичу. Школе было дано название «Алиса» – по имени героини произведения Льюиса Кэрролла, и придуман фирменный знак в виде улыбки Чеширского Кота. В тот же год по эскизу, сделанным Мадьяровым И.И., были заказаны значки с соответствующим изображением и надписью — Компьютерная школа «Алиса». Их изготовил по собственной технологии сотрудник Института органической химии Кейко Владимир Владимирович.
В первые годы школа работала в одном направлении — занималась подготовкой программистских кадров из числа школьников старших классов. С подрастающим поколением занимались сотрудники академических институтов — профессионалы в своей области. По итогам учебного года в апреле проводилась конференция программистов, в которых участвовали наиболее продвинутые школьники.
В настоящее время школу по праву можно считать полнопрофильной структурой дополнительного образования в области информационных технологий, в которой обучаются школьники, студенты и взрослые. Каждый год, начиная с сентября, школа объявляет набор на 20 различных курсов по двум направлениям: пользователи и программисты. Она по-прежнему работает на базе Института Систем Энергетики им. Л.А. Мелентьева СО РАН и по-прежнему организует в апреле каждого года Конференцию программистов, спонсорами которой в том числе являются участники прошлых конференций — теперь профессиональные программисты. Некоторые из них стали преподавателями школы и входят в состав жюри Конференции, а в школе учатся их дети.